Stavba kláštera započala v polovině 17 století, až od. r. 1701 byl klášter obydlen řádovými bratry Nejmenších bratří Paulánů. Až roku 1709 se začalo s přestavbou barokní středověké kaple v nový klášterní chrám zasvěcený Panně Marii Nanebevzaté. Byl vysvěcen r. 1724, a zcela dokončen byl v roce 1732. V roce 1735 bylo přistavěno růžencové schodiště. Patentem vydaným v rámci Josefínských reforem v roce 1781 byl novopacký paulánský klášter zrušen - formálně v roce 1785, fakticky v roce 1789, kdy byli bratří pauláni vystěhováni.

V roce 1791 větší část klášterní budovy v dražbě prodána do soukromých rukou (jižní a západní křídlo, sádky, chlévy, stáje, stodola, lékárnická zahrada, pole, lesy, a další), zatímco severní křídlo zůstalo nadále spojeno s kostelem a bylo užíváno jako farní úřad. Podmínky k prodeji budovy kláštera nesou datum 11. října 1791 a uvádí se v nich, že administrace státních statků jménem náboženského fondu prodává v dražbě „novopacký pavlánský klášter s výjimkou zadní části, která je zřízena k bydlení pro duchovního kooperátora a kostelního sluhu“, a to i s vedlejšími budovami, přičemž nabyvatel bude povinen „nechat kooperátora a kostelního sluhu brát vodu z klášterní studny“ (SOA Zámrsk, Vs Kumburk, kart. 67). K dražbě došlo dne 31. října 1791 a byla při ní za 4601 zl. Adamu Votočkovi (Adam Wotočka)prodána tato část kláštera:
a. Expavlánská klášterní budova, respektive přední a střední trakt včetně letního refektáře, tak jak jsou odděleny postavenými mezistěnami (jelikož chodba vedle kostela a zadní část byly ponechány a tato část bude zařízena k bydlení pro kooperátora a kostelního sluhu), s klášterním placem, patřícím k prvním dvěma traktům, včetně klášterní studny,
b. pod tímto klášterem se nacházející, ze dřeva sroubený domek,
c. obilní stodola,
d. stáj pro koně,
e. kůlna na vozy.

(Farní úřad Nová Paka, Kronika pro faru města Nové Paky nad Roketnicí, s. 192-194).

V roce 1827 odkoupilo tuto prodanou část budovy město Nová Paka a zřídilo v ní nemocnici. Od roku 1875 sloužila jako Okresní veřejná nemocnice. Celý areál byl v roce 1858 prohlášen za kulturní  památku.

Josef Jíra v roce 1929 o těchto prvních majetkových převodech i změnách ve využití kláštera psal: Nový majitel Adam Votočka po koupi v r.1793 rozdělil budovu třem synům. Syn František Votočka zřídil ve svém díle tkalcovnu, barvírnu a tiskárnu kartounů a zaměstnával zde 80 lidí, pro něž vystavěl v roce 1802 Desatero, aby dosáhl povolení v refektáři zřídit hospodu (právo šenku). Nad klášterem dal vykopat studnu, postavit vedle ní čtyři kotle a zřídit barevnu, ve které se příze na způsob turecký barvila a daleko prodávala. Karel Votočka založil v jednom oddílu bývalého kláštera ve sklepení pod refektářem továrnu na kartouny a lepenku.
Dne 17. dubna 1801 byl podle písemných pramenů do 1. poschodí přeložen ústav pro vychování dětí vojenských z Jičína. Zmiňovaný vojenský vychovávací ústav setrval v budově kláštera do roku 1809.

(Novopacko. Vlastivědná monografie okresu 3, Nová Paka 1929, s. 408-409).

R. 1802 vystavěl František Votoček nad klášterem deset domků pro své tkadlce, by tím spíše dosáhl práva šenku. Týž založil v jednom oddílu bývalého kláštera pavlánského továrnu na kartouny, která množství tkalců v celém okolí zaměstnávala. Nad klášterem dal vykopati studni, postaviti vedle ní čtyry kotle a zříditi barevnu, ve které se příze na spůsob turecké barvila a daleko prodávala.

(Josef V. Beran, Paměti města Nové Paky, Praha 1871, s. 59)

Roku 1823 se jednalo o menší stavební úpravě, jež měla být v budově bývalého kláštera provedena. V protokolu ze dne 9. září 1823 se praví, že trautmannsdorffský patronátní úřad, spravující „expavlánský kostel Nanebevzetí Panny Marie i s chodbou k sakristii, resp. k té části budovy, která nebyla prodána v dražbě a nyní je určena k bydlení pro pátery kooperátory“, hodlá „řečenou chodbu zařídit pro zbožné poutníky k nerušenému užívání a k pohodlnému konání pobožností“, přičemž je nutno provést „zazdění oněch dveří, které vedou k dalším částem kláštera, jež byly prodány v dražbě soukromníkům.“ Při jednání, konaném tohoto dne, byl jako svědek vyslechnut novopacký zednický mistr František Erban, který podrobně vypovídal o některých událostech, jež se sběhly při prodeji budovy kláštera Adamu Votočkovi v roce 1791: „Když v roce [datum vynecháno] dne [číslo vynecháno] díl kláštera [...] licitýrován byl, tehdy i já s Adamem Votočkou přítomen byl. Mezi jinýma vejminkami také ta obsažená byla, že gang vedle kostela, jdouc k zakrystii, se tak zazdí, aby prodaný díl od neprodaného docela separírován byl. Kupujícímu ale se za povinnost udělalo, že on, tak jak schody vedle již pavlánské apotheky jdou, sobě vejchod z toho ukoupeného dílu sobě nový východ [!] prolámati musí. Při tý licitaci koupil ten díl panský Adam Votoček. V krátkosti obdržel peckovský mistr zednický František Peter plán, dle kterého tento gang zazděn býti měl. Přijda on sem do Paky ke mně, žádal mě, bych já tuto práci za něj převzal. Já jsem tehdy sám osobně tento gang, tak jak ta zeď tam jest, vlastnoručně zazdíval. Když jsem již až dolů přišel, tu přišel apothekář Josef Geißler, který po pavláních apparáty a medicíny i foroty apothekářský v licitaci koupil, ten quartier ale (officínu) již od Votočky pronajal, a mě prosil, abych celý gang nezazdíval, ale dveře k té jeho apothece tak dlouho, až nový vejchod hotov bude, otevřené nechal. Já jsem tomu na žádný způsob povolit nesměl a tu přišel Votoček, nápodobně mě o to prosil, ale když i jemu jsem to udělat nesměl, tehdy on Votoček řekl, že on si to u sl. cís. k. ouřadu pohledávat bude a jen abych do té chvíle to nedodělával. To jsem já na jeho prosbu nechal a jen jsem tu příčku zazdil, která [je] u schodů, co se k PP. páterům cooperatorům jde. Asi ve dvouch dnech přijel do Paky tit. pan [jméno vynecháno] a slezl u p. Kouši, otce nynějšího p. bürgermeistra. Votoček tam hned šel a jej prosil, aby on tam dveře na ten čas, co tam v klášteře apotheka bude a nový vejchod hotov nebude, nechati povolil. Pan [jméno vynecháno] přišel tam do kláštera, a když to shlídl, tehdy řekl, že to na ten čas, však ale jen proti tomu povoluje, aby ty dveře vždy zavřené ostaly a aby na žádný způsob nějaká neúcta chrámu Páně se nestala, načež jsem já, jsa přítomen, od celostného zazdění odstoupil. Sl. kartouzský ouřad Votočkovi sice dýle ty dveře popřál, ale nyní a nikdy to trpěno býti nemusí, aby ty dveře tam ostaly.“

Další svědci, Ignác Šolc a Josef Fiala, na něž se Erban odvolával, pak prohlásili: „My jsme sice při tý licitací nebyli, ale sotva se skončila, tak jsme tam do kláštera šli a ptali, co prodáno bylo, a tu vesměs nám praveno bylo: dva díly kláštera s gruntami, a sice tak: gang u apotheky a také dole, co se k p. páterům jde, ten se na těch dvouch místech zazdít musí - a Votoček sobě vedle apotheky pod schodama nový vejchod prolámati musí, dveře na khor se i z hořejšího ganku udělají. Mimo toho vůbec praveno bylo, že p. krajskej [jméno vynecháno] jen na velkou prosbu Votočkovu povolil, aby tak dlouho, co tam v klášteře apotheka pozůstávat bude a Votoček nový ve[j]chod sobě neproláme, ty dveře nezazděné ostat mají“

(SOA Zámrsk, Vs Kumburk, kart. 67)

Zřejmě tedy nakonec tyto stavební zásahy, které požadoval patron, byly provedeny.