První osídlenci v údolí Jizerky si ve 13. stol. postavili chalupy na Pasekách (dnes Křížlické a Roudnické paseky), bylo to slovanské obyvatelstvo. V roce 1488 zaznamenává Archiv český: „bylo kutáno na panství pana Štěpanického na horách železných.“ Obec je zmiňována v roce 1492 v rámci dělení panství, tedy přesně v době, kdy štěpaničtí Valdštejnové na svém panství rozvíjeli těžbu a zpracování rud. V roce 1358 již je v Křížlicích zmiňován dřevěný kostel.
Na Roudnici těžili železnou rudu (nejspíš povrchová těžba), není přesně známo, zda pouze sbírali metalické minerály, nebo zda kopali štoly. Vytěženou horninu sváželi na povozech po kamenných cestách do údolí k Jizerce. Mikoláškův mlýn stojí na místě bývalého hamru, kde se ruda drtila a případně plavila. Je pravděpodobné, že na místě byla i pec. Při vykopávkách byla potvrzena existence metalurgické dílny na Štěpanickém hradě. Křížlický hamr byl starší, než Štěpanický nebo Ponikelský.

Výroba železa byla poměrně nákladnou a dlouhodobou investicí; ve stejné době, kdy fungoval hamr, stál na skále nad Jizerkou nedaleký Rychlovský hrádek (podřízený Štěpanickému hradu), který patrně poskytoval ochranu pro Křížlickou výrobu železa. Zároveň chránil těžbu zlata na Jizerce v Zákoutí. Jinak by Rychlovský hrádek postrádal jakýkoli smysl, tzv. Masarykova silnice byla vybudována mnohem později, Křížlice byly tehdá konec světa. Podél Jizerky pravděpodobně nějaká cesta vedla, ale končila na úpatí hor. První bouda na Mísečkách byla postavena až v roce 1642, obec Vítkovice v roce 1606. Proč by stavěli pevnost nad cestou, která zanedlouho končí, a ještě k tomu od Štěpanického hradu směrem do pustých hraničních hvozdů?

V roce 1754 nechal hrabě Arnošt Quido Harrach při Hrabačovském hamru postavit dvě pece a jedno kladivo. Těží se u Křížlic, u Víchovské Lhoty, a v Poniklé.

V okolních lesích pracovali uhlíři, dodávali dřevěné uhlí pro vytavení železa v pecích a pro sklárny. Káceli především buky, z kterých pálili nejkvalitnější uhlí. S nimi spolupracovali dřevorubci. Vedle toho si obživu zajišťovali také pastevectvím.

.. .

„První dělníci, jenž do léto železárny šli, přicházeli od Jilemnice přes tak zvané Sejkoří, kde nad Víchovou tři kříže stály, Spatřivše krajinu tak pustou a divokou, s úžasem zvolali: ‚to budou pravé Křížlice!‘ a usadivši se tuto, tři kříže do obecního znaku přijali. Němci nemajíce v řeči své českého ‚ž‘, vyslovovali jméno toto Kříšlice, jakož v pozdějších listinách úředních vůbec přichází.“

Pamětní kniha lokálie Křížlické 11

Název obce se v písemnostech objevuje v různých tvarech: 1492 „Křižlice“, 1534 „Křišlice“, 1543 „Krzeslicze“, 1633 „Kržislicze“, 1643 „Krzeslicze“, 1649 „Kržisslycz“, 1654 „Krzyszlice“, 1655 „Chržislycz“, 1678 „Kržislicz“, 1700 „Kržisslicze“, 1790 „Kržislitz“, 1835 „Křischlitz“, 1842 „Krisslice“, 1854 „Křeslice“, 1886 „Křížlice“.

Společným jmenovatelem je sloveso „křísati“ znamenající cvrkot cvrčků, příbuzné se slovem „skřípat“ a „křesat“. Slovo „křísit“ (staročesky „křiesiti“) je odvozeno od stejného kořene, např. „vykřesat se z nemoci“, odtud význam mrtvého přivést k životu, a také duchovně obrodit, občerstvovat, posilovat. Vzhledem k těžkým životním podmínkám asi neměli autoři jména na mysli  to, že v Křížlicích docházejí vzkříšení, ale spíš to, že se vykřesali z různých problémů, které měli dole v kraji. Pokud ale nejstarší osídlení souviselo s těžbou železa, je nejpravděpodobnější souvislost s cvrčky, první osídlení nemělo specifický náboženský podtext.

Ve staročeštině slovo ‚křís‘ označovalo cikádu nebo cvrčka (název se dosud používá v biologii pro podřád křísi - auchenorrhyncha). Sloveso ‚křísati‘ znamenalo skřípat. (viz etymologický slovník ČSAV 1971) Je možné, že název Křísslice, uváděný na starých mapách, vznikl podle výrazného rozšíření cvrčků, podobně jako sousední Jestřabí podle jestřábů. A teprve později, když se vytratil původní význam, došlo ke změně zdvojeného ‚s‘ na ‚ž‘, tedy na Křížlice, což vyhovovalo nábožensky probuzeným věřícím. Mnozí z nich odešli do hor za svobodou a tuto, dnes bychom řekli vnitřní emigraci, brali jako nesení kříže.

Podle  Antonína Profouse (Profous a spol.: Místní jména v Čechách 1947-1960) vzniklo jméno z hypotetické existence nedoloženého stejnojmenného rodu: Tvar „Křížlice“ vznikl teprve v nové době z tvaru „Kříšlice“ tím způsobem, že bylo toto jméno spojeno se slovem „kříž“. Tvar „Kříšlice“ povstal zúžením z „Křiešlice“. To byl allegrový tvar z „Křiesilice“. Prvotní tvar „Křiesilice“ – ves lidí Křiesilových. Toto jméno povstalo ze staročeského „křiesiti“ - „křísit“. Slovo „křísit“ povstalo ze slova „křísati“ - „křesat“.