Tomáš Černý se narodil v Nymburce, navštěvoval akademické gymnázium na Starém Městě pražském a právnickou fakultu v Praze. Už v době studií se zapojil do veřejného života. V roce 1962 obdržel titul JUDr. a nastoupil do advokátní kanceláře Josefa Friče. Zároveň se zapojil do vlasteneckých kruhů v Praze. V roce 1864 byl zvolen náměstkem starosty Sokola, kterým byl zakladatel Jindřich Fügner. Ten krátce na to zemřel. V Sokole se rozpoutaly vnitřní spory.  Zásluhou Černého se vedení Sokola sjednotilo. Zpráva z roku 1867 uvádí – „co nám Fügner zbudoval, to nám Černý zachoval“. Vedle činnosti v Sokole také redigoval časopis Právník, do kterého přispíval odbornými články. V roce 1867 podnikl s Riegerem a Palackým cestu na Rus.

Roku 1868 se oženil s Marií Horáčkovou (* 1848 † ?). V roce 1869 si otevřel vlastní advokátní kancelář. Proslavil se především jako obhájce v politicky motivovaných trestních řízeních proti redaktorům Národních listů a Pokroku. Ve své činnosti prokázal hlubokou znalost práva i řečnickou obratnost. V roce 1871 se mu narodil syn Vratislav (1871-1933, právník, poslanec a filantrop).

V roce 1872 byl zvolen starostou Sokola a v této funkci setrval deset let. I nadále se snažil o udržení vnitřní i vnější jednoty tohoto sdružení, navzdory neshodám mezi politickými tábory v české společnosti. V roce 1875 se mu narodila dcera Marie (Jelena, provd. Polívková), která se později provdala za známého Pražského architekta Osvalda Polívku.

Černý byl 6. září 1882 zvolen za starostu Prahy (dříve se funkce označovala jako purkmistr). Za jeho úřadování se připojily čtvrti Vyšehrad a Holešovice-Bubny, radnice také zakoupila Slovanský ostrov, sady Nebozízek na Petříně a Brožíkův obraz Mistr Jan Hus před koncilem kostnickým. Začala se budovat podolská vodárna, aby se zajistil hygienický rozvod pitné vody místo přímého čerpání vltavské vody do kašen. Roku 1883 bylo otevřeno Muzeum hlavního města Prahy. V březnu 1885 vedení města schválilo projekt asanace v Josefově. Od Černého také pochází úsloví „zlatá slovanská Praha“; použil jej ve svém inauguračním projevu, vyvolalo nadšení Čechů a rozhodný odpor pražských Němců.

Jako pražský starosta byl zvolen poslancem českého zemského sněmu a doživotním členem panské sněmovny. Zúčastnil se také založení Zemské banky Království českého, v níž působil jako náměstek generálního ředitele.

Roku 1885 nepřijal ze zdravotních důvodů novou volbu pražským starostou a odešel z veřejného života. Nadále si zachoval některé funkce – například zůstával členem sboru obecních starších a výboru Sokola – ale jinak působil spíše v zákulisí. Svým současníkům imponoval uvědomělým vlastenectvím a pevným charakterem.

Zemřel 22. února 1909 na zkornatění cév? nebo rakovinu žaludku, je pohřben na Vyšehradě.