V Praze byly zřetelné výhrady k exilovému působení Beneše a Masaryka, projevily se například ve výroku Karla Kramáře: „Já nemám čas válet se po hotelích!“ A Kramář s Rašínem se stali po abolici národními hrdiny. Beneš mu to později v roce 1919 vracel při mírových jednáních, kdy si Masarykovi stěžuje: „Kramář je nemožný.“ Ten zase později o Benešovi prohlašuje: „Prostředky jeho politiky budí mravní odpor.“ Kramář dokonce Beneše žaluje pro pomluvu.

Beneš počátkem roku 1915 přesídlil z Říma do Ženevy, usadil se v hotelu Richmond na břehu jezera. V Paříži mu zprostředkoval kontakty teprve Štefánik.
První část delegace (K. Kramář. dr. Preiss a P. Šámal) dorazila do Ženevy v doprovodu Š. Osuského v sobotu večer 26. října. E. Beneš přijel z Paříže v pondělí ráno 28. října a na nádraží jej už očekávali F. Staněk, V. Klofáč, G. Habrman, A. Kalina, P. Šámal, dr. J. Preiss a ředitel Agrární banky K. Svoboda. K. Kramář očekával Beneše v Hotelu National. Později se k jednání připojili i Benešovi spolupracovníci Š. Osuský, L. Strimpl a I. Markovič. Samotná jednání pak probíhala v hotelu Beau Rivage.
Politická jednání byla zahájena ještě týž den dopoledne. Beneš a jeho společníci podali delegaci podrobný výklad o povšechné mezinárodní situaci, o celé zahraniční politické a vojenské akci a o poměru ke Spojencům a spřáteleným národům. Beneš vylíčil své diplomatické zásluhy – že je exilová vláda uznaná všemi spojenci (došlo k právně problematické situaci, kdy nástupnický stát Rakousko-Uherska byl uznán ještě před svým vznikem a před konáním mírové konference v roce 1919), že se nový stát bude podílet na mírové konferenci na straně vítězů a v podstatě si může samo určit své hranice. „Zdálo se mi. že pražští delegáti nebyli v řadě otázek dosti orientováni a jisti, … a že o našich věcech za hranicemi za války měli celkem málo jasné představy“, vzpomínal Beneš v roce 1927. Ve skutečnosti Beneš měl málo jasné představy o tom, co se děje v Praze. Pražská delegace Benešovi naopak vysvětlila situaci doma, mj. i obavy našich lidí pro nejbližší budoucnost při eventuálním pádu Rakouska – Uherska. Další část jednání se týkala budoucí úpravy samostatného státu – jeho formy, složení vlády a způsobu, jak uskutečnit přechod v nový československý režim. Poslední část se týkala podmínek příměří pro Rakousko – Uhersko.
Během jednání byla dohodnuta budoucí forma státu jakožto republika a současně bylo nepříliš demokraticky „zákulisně“ dohodnuto složení budoucího politického vedení státu na čele s T.G. Masarykem jakožto prezidentem a K. Kramářem v roli předsedy vlády, s E. Benešem jako ministrem zahraničí a generálem M. R. Štefánikem ve funkci ministra války (obrany). V rozporu s programem presidenta Wilsona, který odmítal kabinetní politiku a požadoval férovou transparentní politiku, Beneš zasel do naší budoucí politiky nedůvěru k demokratickým postupům. (Podle svědectví Dr. Boučka Štefánik na rozdíl od Beneše zastával názor, že exilová politika musí v Praze usilovat o regulérní demokratické projednání a schválení všeho, co podniká.) Podrobně se rozebíraly jednotlivé kroky potřebné k provedení převratu (obsolentně) a k zajištění chodu nového státu (zavedení státní správy nad nejdůležitějšími oblastmi průmyslu a nad doly (bez demokratického mandátu), zřízení národní banky a zavedení nové měny, otázka pozemkové reformy, zajištění vojenské kontroly nad novým státem atd.), některé z těchto kroků mezitím vyřešil sám běh událostí v Praze. Tato část však měla podléhat následnému projednání a schválení v Praze.
Na závěr pražská delegace podepsala E. Benešovi prohlášení, že uznávají pro národ závaznými všechny kroky, které zahraniční vláda nebo její jednotliví členové učinili a to i před tím, než byla vláda ustavena (tedy zcela soukromé kroky) a že je schvalují. Tedy, že plně souhlasí s dosavadní politikou Československé národní rady v Paříži a s politikou jejího nástupce - prozatímní vlády. Tento souhlas už nepodléhal žádnému dalšímu schvalování. Za velmi důležité Beneš považoval i to, že představitelé domácího odboje schválili všechny kroky, které vedoucí zahraničního odboje podnikli za války, a přijali všechny závazky učiněné Masarykem, Štefánikem a Benešem jménem ČSNR a prozatímní vlády.
Veškerá ujednání byla pak dne 31. října 1918 stvrzena podpisy účastníků jednak v zápise, jednak v Prohlášení ke spojencům. V té době už však byla nezávislost vyhlášena. Informaci o výsledcích ženevských jednání pak teprve 4. listopadu 1918 zaslal Beneš telegraficky Masarykovi.

Masaryk a Beneš potřebovali svou exilovou činnost legitimizovat, zdá se, že zcela běžně tvrdili při jednáních, že jednají s vědomím politických představitelů v Praze, ale žádný takový mandát neměli.  A vzhledem k tomu, že si brali na účet budoucího státu úvěry na svou činnost, mělo to pro ně dost zásadní význam. Beneš se k Ženevským jednáním později s jistým propagandistickým záměrem vyjádřil následovně:  „Tak se pařížské zatímní vládě dostalo po uznání od spojeneckých velmocí ještě uznání posledního a nejdůležitějšího: uznání Prahy. Jednota našeho osvobozeneckého boje domácího a zahraničního byla slavnostně zjištěna a dotvrzena. Naše národní revoluce byla tím ideově a právně dovršena.“ Po pravdě však je nutno dodat, že jednání bylo zcela zbytečné a vůbec nic neovlivnilo.