Juan de Yepes se narodil roku 1542 ve Fontiveros v Kastilii padesát kilometrů vzdálené od Ávily jako třetí syn Gonzala de Yepes, který se navzdory šlechtickému původu oženil s neurozenou Catalinou Alvarezovou, sirotou. Rod Yepesů jej zavrhl. Živili se tkalcovstvím.

Gonzales umírá, když jsou Juanovi dva roky. Prostřední bratr Alois umírá dříve, než se Juan narodil. Catalina se se syny Franciscem a Juanem stěhuje do Mediny del Campo (dnes Valladolid), kde žije bratr zemřelého Gonzalese. Francisco navazuje na tkalcovskou tradici. Juan navštěvuje školu pro chudé sirotky, kde se seznamuje s několika dalšími řemesly (krejčovství, řezbářství, malířství), ale bez valných výsledků.

Nastupuje jako pomocný ošetřovatel v nemocnici, pečuje o těžce nemocné, zároveň v letech 1559-1563 studuje na jezuitské střední škole.

V roce 1563 vstupuje do karmelitánského kláštera sv. Anny v Medině, dostává řádové jméno Juan od svatého Matěje (Metoděje, Matouše). Žádá o souhlas, aby mohl dodržovat řeholi v původní podobě.

Od roku 1564 studuje teologii na universitě v nedaleké Salamance. V roce 1567 je vysvěcen na kněze.

V Medině se jako kněz setkává s Terezií z Ávily a probírá s ní své rozhodnutí přestoupit do kartuziánského řádu. Terezie jej informuje, že v roce 1562 zahájila reformu ženského karmelitského řádu. Inspiruje jej, aby provedl reformu Karmelu.

Juan v roce 1568 vyhlašuje reformu Karmelu v Duruelo a přijímá nové jméno Juan de la Cruz  - Jan z Kříže. V roce 1572 je jmenován zpovědníkem karmelitánek v klášteře Vtělení. V noci ze 2. na 3. prosince 1577 je unesen karmelitány, kteří se bránili reformám. Je nezvěstný, protože jej uvěznili v klášteře ‚obutých‘ v Toledu v kobce bez okna, aby jej přinutili vzdát se reformního úsilí. Ve vězení prošel mystickou zkušeností, složil básně Duchovní zpěv, Kam jsi se ukryl, Temná noc, Já dobře znám pramen, jenž prýští a plyne, Živý pramen lásky. Po devíti měsících 15. srpna 1578 z vězení uprchl a usadil se v Andalusii. Své básně předložil bratřím svého reformního směru a ti jej požádali, aby k nim napsal výklad. Tak vznikly jeho knihy Výstup na horu Karmel a Temná noc (1586). Pro Annu z Ježíše napsal komentář k Duchovní písni. Pro Annu de Peñalosa napsal komentář k básni Živý pramen lásky.

V roce 1588 se bosí karmelitáni stávají kongregací. Jan se stal generálním vikářem bosých karmelitánů.  Juan působí jako převor na Kalvárii v Andalusii. V Baeze zakládá kolej. Je převorem a provinčním vikářem.  Zakládá další kláštery. Pracuje pro karmelitánky i pro laiky.

Byl malé, nenápadné postavy a skromného chování, neúnavné energie a pracovitosti, pro kterou mu v klášteře přezdívali „tichý pilník“. Spolubratři na něj vzpomínali jako na člověka, který se rád smál, rád zpíval a dokonce tančil, byl přátelský a srdečný, miloval samotu a ústraní, znal smutek, strach a utrpení.

V roce 1591 je vypovězen do poustevny v Peñuele. Reviduje komentář k básni Živý plamen. Dne 14. prosince 1591 umírá. Juan byl svatořečen 27.12.1726, byl vyhlášen za učitele modlitby.

Napsal přibližně tisíc básní:

Temná noc

Duchovní píseň

Živý plamen lásky

Vyprávění o světle a lásce  

Komentáře:

Výstup na horu Karmel

Temná noc

Duchovní píseň

Živý plamen lásky