Marie Hübnerová, rozená Marie Rufferová, se narodila 12. října 1865 ve Slatině nad Zdobnicí u Rychnova nad Kněžnou. Její sestra Anna Rufferová byla subreta a sborová zpěvačka, měla také bratra Jana Ruffera, který však záhy zemřel. Od jedenácti let (po smrti bratra Jana) žila v Brně. Po otcově smrti byla vychovávána v německém klášteře v Brně v sirotčinci v Zábrdovicích, vedeném řádovými sestrami, a připravována na práci služebných, děveček a dělnic. V roce 1882 v patnácti letech utekla z klášterního sirotčince ke Košnerově divadelní společnosti.

Nejdříve hrála u kočovních společností, v Košnerově divadelní společnosti do roku 1893 vystupovala pod jménem Marie Slatinská. Po smrti Hübnerovy manželky Anny se za divadelního ředitele a žurnalistu Václava Hübnera v Brně v roce 1893 provdala. S ním Marie prožila několik velmi šťastných a skutečně spokojených dlouhých let.

V roce 1887 přešla od Košnerovy společnosti do společnosti F. Ludvíka. V letech 1891 – 1892 působila v Národní divadle v Brně, v závěru roku 1892 odešla s ředitelem divadla Václavem Hübnerem do jeho vlastní nově vytvořené divadelní společnosti České lidové divadlo na venkově. Hrála v Českém lidovém divadle (1892 – 1894) a v následujících letech 1895 až 1896 vystupovala ve Švandově divadle v Praze, kam se manželé přestěhovali a kde Marie Hübnerová žila i po manželově smrti.

Od 15. února 1896 (až do smrti 5. srpna 1931) hrála v pražském Národním divadle, kde sehrála přes 370 rolí velmi slavných a nezapomenutelných rolích (př. Magdalena Dobromila Rettigová ve stejnojmenné hře, Dulská ve hře „Morálka paní Dulské“, Klásková v Jiráskově „Lucerně“, chůva v „Romeovi a Julii“, Fanka v Čapkově „Loupežníkovi“, Chrobačka v „Ze života hmyzu“, Martu v Goethově hře „Faust“ a další).
Často a ráda hostovala jako uznávána česká herečka ve venkovských divadlech (Plzeň, Jičín, Brno, České Budějovice, Poděbrady, Slaný, Ostrava aj.), v malých pražských scénách (Pištěkovo divadlo, 1908; Uranie, 1914; Intimní divadlo, 1914) a jako jedna z prvních českých hereček také v zahraničí (Vídeň, 1910, 1929; Varšava, 1928; Bělehrad, 1931 nebo Záhřeb, 1931 atp.).

Hübnerová nejdříve hrála naivní role mladých dívek a později byla skvělou interpretkou charakterních postav. Do dějin divadla se však zapsaly její role matek, díky kterým se stala oblíbenou u diváků. Skvěle ovládala svůj hlas a velice dobře se herecky vyvinula i přes různé umělecké proudy. Dbala na svoji impozantní výslovnost a hluboký hlas, práci s tělem, mimiku, masku a skutečně vnitřním ztělesněním postav, jímž dávala hlubokou psychiku a bohatý duševní život.

Za 1. světové války počalo její herecké vyprávění pohádek pro děti (v tomto oboru ji byla následovníci Růžena Nasková). Jako zkušená herečka založila uznávanou divadelní školu (z ní vyšla např. herečka Olga Scheinpflugová, Míla Pačová, Jarmila Kronbauerová, Marta Májová, Anna Sedláčková, Marie Bečvářová, Zdeňka Baldová, Eva Vrchlická, Liběna Ostrčilová a desítky dalších), kde působila jako významná, oblíbená a užitečná pedagožka.

Těsně před smrtí si Hübnerová zahrála ve svém jediném filmu LOUPEŽNÍK (1931) režiséra Kodíčka, kde vytvořila roli služky Fanky. Slavnostní premiéry filmu (27. listopadu 1931) se již nedožila… Film však vinou nezkušené režie u diváků a kritiky zcela propadl a rychle přešel premiérovými kiny bez většího a výraznějšího povšimnutí.

Několikrát usedla za rozhlasový mikrofon (př. v pohádkách „Jak šlo vejce na vandr“, 1928 či „Pohádka o Smolíčkovi“ 1928) a její herecké monology byly vydány na gramofonových deskách. Jako první herečka obdržela Státní cenu za herectví (1923 a 1930). V Bělehradě jí byl v roce 1931 udělen řád sv. Sávy.

Dodnes je považována za jednu z našich opravdu nejlepších a nejslavnějších hereček první poloviny 20. století. Marie Hübnerová zemřela na vrcholu své umělecké a životní dráhy 5. srpna 1931 v Praze ve věku nedožitých šedesáti šesti let.
Byla učitelkou hereček A. Sedláčkové, L. Ostrčilové, E. Vrchlické, J. Kronbauerové, O. Scheinpflugové, M. Májové, B. Durasové, Z. Baldové, A. Iblové, M. Pačové, M. Wintrové-Bečvářové a dalších.
Je pochována v Praze na Olšanských hřbitovech.